Organizačná štruktúra CNA je dvojvrstvová. Tvoria ju tzv. regionálne akadémie (RCNA) a lokálne akadémie (LCNA). Lektori regionálnych akadémií sú vyškolení priamo spoločnosťou Cisco Systems a úlohou regionálnych akadémií je školiť lektorov a poskytovať zázemie lokálnym akadémiám. Lokálne akadémie zaisťujú vlastné štúdium študentov.

Každá regionálna akadémia zaisťuje služby zhruba pre desať lokálnych akadémií. Regionálne akadémie poskytujú taktiež spoločnosti Cisco informácie o práci jednotlivých lokálnych akadémií, o kvalite a efektívnosti výučby a o výsledkoch študentov.